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NCBI リンク

米国国立医学図書館(NLM)の一部門である米国国立生物工学情報センター(NCBI)は、遺伝子配列データのいくつかのデータベースを管理しています。MEDLINE® の詳細表示は、10 種類のデータベースのいずれかにリンクされます。

リンクをクリックすると、レコードで報告されている遺伝子配列についての詳細が表示されます。

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Conserved Domains

Conserved Domains は、タンパク質ドメインのデータベースです。Conserved Domains の情報源データベースは、Pfam、Smart、COG です。*

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Genome データベース

Genome データベースには、完全な染色体、Contig 配列地図、遺伝地図と物理地図を統合した地図を含む、ゲノムの情報が含まれます。データベースは 6 種類の主要生物グループ(Archaea、Bacteria、Eukaryotae、Viruses、Viroids、Plasmids)で構成され、完全な染色体、細胞器官、プラスミドとドラフトのゲノムアセンブリが含まれます。*

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Nucleotide

Nucleotide データベースには、INSDC のメンバーが提供している国際塩基配列データベースである、GenBank、EMBL、DDBJ の配列データが含まれます。EMBL は、イギリスのヒンクストンにある欧州バイオインフォマティクス研究所(EBI)が提供している DNA データベースです。DDBJ は、静岡県三島市にある国立遺伝学研究所が提供している DNA データベースです。配列データには、ニューメキシコ州サンタフェにある NCGR(National Center for Genome Resources)が提供しているゲノム配列データベース(GSDB)も含まれます。米国特許商標庁(USPTO)および他の国々の特許庁の国際的なデータベースで公開されている特許配列も含まれます。*

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OIMM データベース

OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)は、Johns Hopkins 大学の Victor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集されている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。NCBI によって Web 上に公開されています。

データベースには、テキスト形式の情報とレファレンスが含まれます。MEDLINE および Entrez システムの配列レコードへの多くのリンクが含まれます。また、NCBI およびその他の追加関連情報へのリンクも含まれています。*

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PopSet データベース

PopSet データベースには、個体群、系統発生、突然変異の研究から得られたセットとして提出された整列化配列が含まれます。これらの整列は、進化や個体群の変化などのイベントについて記述します。PopSet データベースには、ヌクレオチドとタンパク質配列データの両方が含まれます。*

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ProbeSet

Probe は、幅広い生物医学研究アプリケーションで使用するために設計された、試薬の頒布者、プローブの有効性、計算した配列類似性についての情報を含む核酸試薬のパブリックレジストリです。*

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Protein データベース

Protein データベースには、GenBank、EMBL、DDBJ の DNA 配列から翻訳されたコーディング領域の配列データと、PIR(Protein Information Resource)、SWISS-PROT、PRF(Protein Research Foundation)、PDB(Protein Data Bank)に提出されたタンパク質配列(既知の構造の配列)が含まれます。*

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SNP

Single Nucleotide Polymorphism Database(dbSNP)は、一塩基置換と短い欠損、挿入による多型の両方の中央リポジトリデータベースです。*

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Structure

Structure データベースや Molecular Modeling Database(MMDB)には、結晶および NMR 構造解析の実験データが含まれます。MMDB のデータは、PDB(Protein Data Bank)を参照しています。NCBI は、構造データを書誌事項情報、配列データベース、NCBI Taxonomy にクロスリンクしています。*

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Taxonomy データベース

Taxonomy データベースには、少なくとも 2 つのヌクレオチドまたはタンパク質配列によって NCBI 遺伝子データベースで表現されている生物のすべての名前が含まれます。*

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UniGene

UniGene データベースには、遺伝子由来の転写配列のクラスターが含まれます。

UniGene は、GenBank の配列を自動的に区分して遺伝子由来のクラスターの冗長性のないセットを構築するシステムです。各 UniGene クラスターには、一意の遺伝子を表す配列と、遺伝子が発現した組織型や地図の場所などの関連情報が含まれます。*

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UniSTS

UniSTS データベースには、STS マッピングデータから得られた Sequence Tagged Sites(STS)が含まれます。

UniSTS は、さまざまな公開情報のマーカーとマッピングデータを統合します。データソースには、dbSTS、RHdb、GDB、さまざまなヒトマップ、さまざまなマウスマップが含まれます。*

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関連情報 ...

NCBI データベースについての詳細は、NCBI Web サイトを参照してください。